Jednolity Sąd Patentowy (ang. Unified Patent Court – UPC) będzie składał się z dwóch instancji.
Sąd Pierwszej Instancji będzie składał się z oddziału centralnego oraz z oddziałów lokalnych i regionalnych.
Oddział centralny ma swoją siedzibę w Paryżu oraz filie w Monachium i Mediolanie. Oddział centralny jest właściwy dla spraw o unieważnienie, a jego filie w Monachium i Mediolanie rozpatrują sprawy odpowiednio z zakresu mechaniki i medycyny.
Oddział lokalny tworzy się z kolei w państwie członkowskim, które przystąpiło do Porozumienia w sprawie Jednolitego Sądu Patentowego (ang. Unified Patent Court Agreement – UPCA), na wniosek tego państwa zgodnie ze statutem. Siedzibę oddziału lokalnego wyznacza wnioskujące państwo członkowskie, w którym ma znajdować się dany oddział lokalny.
Z kolei oddział regionalny tworzy się dla dwóch lub więcej umawiających się państw członkowskich na ich wniosek zgodnie ze statutem. Państwa te wyznaczają siedzibę oddziału regionalnego. Oddział regionalny może rozpoznawać sprawy w wielu lokalizacjach. Dotychczas podjęto decyzje o utworzeniu jednego oddziału regionalnego – Nordic-Baltic division, który jest wspólny dla Szwecji, Litwy, Łotwy i Estonii. Jego siedziba mieści się w Sztokholmie.
Oddziały lokalne i regionalne co do zasady będą właściwe m.in. w sprawach powództw dotyczących faktycznych lub grożących naruszeń patentów europejskich.
Sąd Apelacyjny – będący sądem odwoławczym – ma swoją siedzibę w Luksemburgu.